Už začiatkom 20. stor. arch. O. Sztehlom boli gotické okná v interiéri kostola sv. Petra z Alkantary rozsiahlym spôsobom obnovené (História Domus: opravy a výmeny gotických kružieb a rebier + výmena okenných výplní za ..."ozdobnejšie zasklenie okien svätyne, jednoduché zasklenie ostatných okien kostola"). Zrealizovaná obnova bola do značnej mieri poškodená počas II. svetovej vojny a do havarijného stavu sa dostala v 90-tich rokoch. Následne boli okenné výplne nahradené dočasným zasklením, ktoré pretrvali až do súčastnosti. Vzhľadom na prebiehajúcu komplexnú reštaurátorskú obnovu interiéru kostola bolo vhodné súbežne s interiérovým reštaurovaním gotických okien zrealizovať aj nové osedenie okenných výplní. V roku 2020 v rámci komplexnej reštaurátorskej obnovy svätyne bola zrealizovaná predmetná výmena 4 gotických okien v apside kostola - I.etapa. Cieľom aktuálnej obnovy bola výmena okenných výplní v ďalších 3 gotických okien (2 okná v severnej kaplnke a 1 okno na západnom priečelí), ktorá nadväzuje na komplexné reštaurovanie neskorogotického interiéru. Samotná realizácia začína fázou vysklenia sekundárnych výplní, následne osobitným zameraním každej výplne (gotické kružby si vyžadujú výrobu papierových a následne sklenených makiet), zadanie do výroby a následne osadenie nových výplni v dvojfázovom režime integrujúci potrebnú dilatáciu. Preto počas tohto procesu sa gotické okná dočasne prekrýva ako je to v momentálne v prípade severných okien kaplnky. Výsledkom obnovy gotických okien v celom ich kontexte je vylúčenie rizík zatečenia ako aj hodnotový posun zreštaurovaného interiéru o komplexnú obnovu okenných výplní a v neposlednom rade aj technicko-izolačné vlastnosti nových okenných výplní pozostávajúcich z 2x 4mm skla (vonkajšie /typ alkeduš/, vnútorné /číre/) a 16mm čierneho matného rámika. Zároveň sa danou obnovou odstránia sekundárne kovové otvárateľné okná a doplnia sa chýbajúce želežné kované horizontálne nosníky okenných výplní. Pre úplnosť uvádzame z Technickej správy kultúrnej pamiatky, kód S 0090 zo dňa 12/2017 - Pro Monumenta, ktorá konštatuje k problematike okien: sklenené nepôvodné výplne v kovových rámikoch v kamenných osteniach a kružbách okien. 

V roku 2020 sme osadili 70 ks obdĺžníkových nových výplní a 41 ks atypov pre gotické kružby = 26m2

V roku 2021 sme osadili 35 ks obdĺžníkový nových výplní a 25 ks atypov pre gotické kružny - 16m2